CIRCUS

CAD Challenge 2014 ソフトウェア開発仕様

UTH CAD Challenge 2014では、以下の2種類のソフトウェアを使用します。

図１　学習・評価の流れ

学習用ソフトウェア

1）実行時のコマンド

(学習用ソフトウェア名).exe [設定ファイル名（絶対パス）] [使用可能コア数※1]

※1 学習環境で使用可能なコア数を指定します（8コア使用可能）

※2 ソフトウェア実行に必要なファイル（DLLなど）があれば実行ファイルと同じディテクトリに配置します。学習実行時にcdコマンドで実行ファイルのあるディレクトリに移動するため、これらのファイルへはパスなしでアクセス可能です。

2）設定ファイルのフォーマット

1行目 中間ファイル出力ディレクトリ
2行目 結果ファイル出力ディレクトリ
3行目以降 入力症例ディレクトリ（症例数分、1行／症例）

各フォルダは絶対パスで記述します。

例）

D:\tempFolder      中間ファイル出力ディレクトリ
D:\outFolder       結果ファイル出力ディレクトリ
D:\inFolder\case1  入力症例1のディレクトリ
D:\inFolder\case2  入力症例2のディレクトリ:

3）入力症例ディレクトリ内のファイルについて

入力症例ディレクトリには以下のファイルを配置（0.raw、0.mhd、0.txtはCIRCUS CSプラグインが使用する入力ファイルと同形式）

0.raw
元画像ボリュームデータ（short型のRAWデータ、Z=0から順にデータを格納）
0.mhd
0.rawのITKメタヘッダファイル
0.txt
DICOMダンプデータ（中間形式、テキスト形式のINIファイル）
0_ans.raw
病変形状データ（unsigned char型、病変毎に1～255の値でラベリング）
0_ans.mhd
0_ans.rawのITKメタヘッダファイル
0_lesion_info.txt
病変情報（カンマ区切りテキスト形式）

0_lesion_info.txt のフォーマット例（肺結節の場合）

1,5,GGO
2,10,solid
1列目
ラベル（0_ans.rawのラベルに対応）
2列目
読影医が計測した長径 [mm]（あくまでも目安です）
3列目
病変の種類
  • 脳動脈瘤：saccular（嚢状）、fusiform（紡錘状）、other（その他）
  • 肺結節：solid、mixed、GGO

4）中間ファイルならびに結果出力について

※画像の全体／部分を再現できるようなデータの流出を防ぐため、東大病院側でデータ内容を確認の上、参加者へ提供しないことがあります（評価には使用します）。

5）注意事項

コマンド実行開始から一定期間（初期学習は3日間、再学習は4日間）経過しても終了しない場合は、学習が完了しなかったものとし、評価にはその時点で出力されたファイルを使用します（出力がない場合は評価しません）

検出用ソフトウェア

検出用ソフトウェアはCIRCUS CSのプラグイン開発キット内の病変検出ソフトウェアと同じ入出力とします（詳細は「CIRCUS CS プラグイン開発者ガイド」の「4.5.2. 病変検出ソフトウェア (detector_v.1プロジェクト)」を参照してください）。

１） 実行時のコマンド

(評価用ソフトウェア名).exe [作業ディレクトリ] [入力シリーズ数] [使用可能コア数] ([環境文字列])

※1 学習用ソフトウェアの出力は環境文字列で指定します（ファイル名を直接指定 or 設定ファイル使用 のいずれか）

※2 ソフトウェア実行に必要なファイル（DLL、学習結果など）は評価ソフトウェアと同じディテクトリに配置。実行時にcdコマンドで実行ファイルのあるディレクトリに移動するため、これらのファイルへはパスなしでアクセス可能です。

２）入出力について

入力

引数で指定した作業ディレクトリ内にボリュームデータ (0.raw)、ITKメタヘッダ(0.mhd)、およびDICOMダンプデータ(0.txt)を配置

出力

検出結果ファイル（「CIRCUS CS プラグイン開発者ガイド」の「4.5.2.2. 検出結果ファイルの作成」参照）

※ ドキュメントにはC属性ファイル（executed_plugin_attributes.txt）の出力が必要とありますが、本企画の範囲内では不要です。

３）注意事項

コマンド実行開始から10分経過しても終了しない場合は、強制終了します（未検出として評価します）。