CAD Challenge 2015 ソフトウェア開発仕様

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UTH CAD Challenge 2015では、以下の2種類のソフトウェアを使用します。

• 学習用ソフトウェア：学習用症例群を用いて機械学習を行い、その結果を出力
• 検出用ソフトウェア：学習結果を用いたCADソフトウェア

学習用ソフトウェア

1）実行時のコマンド

(学習用ソフトウェア名).exe [設定ファイル名（絶対パス）] [使用可能コア数※1]

※1 学習環境で使用可能なコア数を指定します（8コア使用可能）

※2 ソフトウェア実行に必要なファイル（DLLなど）があれば実行ファイルと同じディテクトリに配置します。学習実行時にcdコマンドで実行ファイルのあるディレクトリに移動するため、これらのファイルへはパスなしでアクセス可能です。

2）設定ファイルのフォーマット

1行目 中間ファイル出力ディレクトリ
2行目 結果ファイル出力ディレクトリ
3行目以降 入力症例ディレクトリ（症例数分、1行／症例）

各フォルダは絶対パスで記述します。

例）

D:\tempFolder      中間ファイル出力ディレクトリ
D:\outFolder       結果ファイル出力ディレクトリ
D:\inFolder\case1  入力症例1のディレクトリ
D:\inFolder\case2  入力症例2のディレクトリ:

3）入力症例ディレクトリ内のファイルについて

入力症例ディレクトリには以下のファイルを配置（0.raw、0.mhd、0.txtはCIRCUS CSプラグインが使用する入力ファイルと同形式）

0.raw

元画像ボリュームデータ（short型のRAWデータ、Z=0から順にデータを格納）

0.mhd

0.rawのITKメタヘッダファイル

0.txt

DICOMダンプデータ（中間形式、テキスト形式のINIファイル）

※ 以下の4ファイルは有病症例のみ配置

0_ans.raw

病変形状データ（unsigned char型、病変毎に1～255の値でラベリング）

0_ans.mhd

0_ans.rawのITKメタヘッダファイル

0_lesion_info.txt

病変情報（カンマ区切りテキスト形式）

0_ans_gravity.txt

病変の重心座標を記載（0_ans.rawより算出、カンマ区切りテキスト形式）

0_lesion_info.txt のフォーマット例（肺結節の場合）

1,5,GGO
2,10,solid

1列目

ラベル（0_ans.rawのラベルに対応）

2列目

読影医が計測した長径 [mm]（目安です。肺結節検出では検出判定に使用します。）

3列目

病変の種類

• 脳動脈瘤：saccular（嚢状）、fusiform（紡錘状）、other（その他）
• 肺結節：solid、mixed、GGO

0_ans_gravity.txt のフォーマット例

1,273.3,239.0,62.0
2,290.7,244.1,111.2

1列目

ラベル（0_ans.rawのラベルに対応）

2～4列目

病変形状の重心座標（x,y,z、rawデータの座標は0開始です）

4）中間ファイルならびに結果出力について

• 必要に応じて、中間ファイルを出力可能（最大1Tバイト、実行終了時に消去）
• 最終結果（学習結果）は結果ファイル出力フォルダに出力

※画像の全体／部分を再現できるようなデータの流出を防ぐため、東大病院側でデータ内容を確認の上、参加者へ提供しないことがあります（評価には使用します）。

5）注意事項

コマンド実行開始から一定期間（学習症例数×15分）経過しても終了しない場合は、学習が完了しなかったものとし、評価にはその時点で出力されたファイルを使用します（出力がない場合は評価を行いません）。

検出用ソフトウェア

１） 実行時のコマンド

(検出用ソフトウェア名).exe [入力ディレクトリ※1] [出力ディレクトリ※1] [使用可能コア数] ([オプション※2])

※1 各ディレクトリは絶対パスで記述します。

※2 学習用ソフトウェアの出力ファイルを指定する場合は「オプション」で指定します（ファイル名を直接指定 or 設定ファイル使用 のいずれか）

※3 ソフトウェア実行に必要なファイル（DLL、学習結果など）は評価ソフトウェアと同じディテクトリに配置します。実行時にcdコマンドで実行ファイルのあるディレクトリに移動するため、これらのファイルへはパスなしでアクセス可能です。

２）入力症例ディレクトリ内のファイルについて

学習用ソフトウェアの場合と同様です（処理には0.raw、0.mhd、0.txtを、検出判定には0_ans.raw , 0_ans.mhd, 0_ans_gravity.txtを使用します）。

３）結果出力について

以下の形式の検出結果ファイルを作成します（カンマ区切りテキスト形式）。

[ID], [病変候補のX座標], [病変候補のY座標], [病変候補のZ座標], [病変候補の体積], [確信度(尤度)]

※1 IDは病変候補毎に1から割り当てます（病変候補は確信度（尤度）の降順に出力します）。

※2 病変候補の位置はオリジナルのボリュームデータの位置を出力（0開始、途中でサイズ変更やクロッピングを行う場合は注意してください)。

※3 体積はmm3単位です（参考データのため、0としても構いません）。

※4 確信度（尤度）は[0.0, 1.0]の範囲になるよう、正規化を行ってください。

４）注意事項

コマンド実行開始から10分経過しても終了しない場合は、強制終了します（未検出として評価します）。

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